Hacia fines de los años ’50 comenzó la decadencia del Balneario, las instalaciones se fueron deteriorando, muchas confiterías fueron demolidas y poco a poco comenzaron a aparecer carteles que prohibían el baño debido a la contaminación del río. A comienzos de la década del ’70 un nuevo proyecto se sumó a los ya existentes en la zona norte para “ganar” tierras al río frente al antiguo Balneario Costanera Sur. El relleno comenzó en 1978, empleando un sistema similar al de los polders holandeses; se construyeron terraplenes perimetrales con escombros de las demoliciones realizadas para abrir el trazado de las autopistas urbanas. El agua que quedó encerrada fue desagotada parcialmente a medida que el área fue rellenándose con sedimento extraído en el dragado del Río de La Plata. El Proyecto inicial, que incluía la creación de áreas verdes y la construcción de un “Centro Administrativo de la Ciudad” fue finalmente desestimado, aunque los trabajos de relleno y descarga de escombros continuaron en forma discontinua hasta 1984, cuando se suspendieron definitivamente.

A partir de entonces, y en forma espontánea, comenzaron a desarrollarse diferentes comunidades vegetales a partir de semillas presentes en el sedimento, transportadas por el viento o dispersadas por los animales. Al proporcionar refugio y alimento, las plantas favorecieron el establecimiento de poblaciones animales. Desde el primer momento, las lagunas y pastizales fueron surgiendo, llamaron la atención de los amantes de la naturaleza y los observadores de aves, que comenzaron a visitarlas regularmente. A medida que crecía la diversidad biológica, aparecían los bosques y aumentaba la variedad de especies animales, el lugar fue convocando a más gente, aerobistas, ciclistas, estudiantes naturalistas y observadores de aves extranjeros de paso por Buenos Aires.

El reconocimiento oficial llegó el 5 de junio de 1986, cuando el Consejo Deliberante de la Ciudad de Buenos Aires, haciéndose eco del reclamo de las Organizaciones No Gubernamentales, sancionó por unanimidad la Ordenanza Nº 41.247 brindando protección al área.